В процессе запуска приложения из EDT на автономном сервере в режиме запуска (не в режиме отладки), может возникнуть ошибка «Тип подключения цели отладки отличается от типа, используемого сервером отладки».
Проблема заключается в том, что в тонком клиенте 1С:Предприятия в режиме 1С:Предприятие в параметрах был установлен параметр Отладка при перезапуске: Разрешена (протокол TCP/IP).

1C:EDT использует для отладки только протокол HTTP, что и приводит к возникновению этой ошибки.
Рекомендации: