В соответствии с ч. 2 ст. 165 и ст. 170 ТК РФ работодатель обязан отпустить сотрудника для исполнения государственных или общественных обязанностей. При этом оплату в этом случае производят органы и организации, в интересах которых сотрудник исполняет государственные или общественные обязанности (в том числе обязанности свидетеля).
О том, как зарегистрировать день вызова сотрудника в прокуратуру в "1С:Зарплате и управлении персоналом 8" (ред. 3) и в "1С:Бухгалтерии 8" (ред. 3.0), читайте в новой статье справочника "Кадровый учет и расчеты с персоналом в программах 1С":